У меня пусто в "Автозапуске", но некоторые программы продолжают стартовать при входе в Windows.
Проверьте следующую ветку реестра, используя regedit [HLKM \SOFTWARE \MICROSOFT \WINDOWS \CURRENTVERSION \RUN]. Там находятся значения, каждое из которых соответствует одной запускаемой при старте программе. Если вы не уверены, перед стиранием сохраните выбранные строчки. Ещё проще сделать это из программки msconfig, закладка StartUp, запустить которую можно из пункта Run... кнопки Start.

Можно ли ввести машину в состояние hibernate, или выключить из командной строки?
Можно. Вот так:
%windir%\System32\rundll32.exe powrprof.dll,SetSuspendState.

Если создать *.cmd файл подобного содержания, то с его помощью можно будет вводить машину в hibernate из шедулера, в заданное время. Для того что бы выключить компьютер, можно воспользоваться следующим методом. Создаем в любом текстовом редакторе файл poweroff.vbs следующего содержания:

dim OpSysSet, obj
Set OpSysSet = GetObject("winmgmts:{impersonationLevel=impersonate," &
_
"(Shutdown)}//./root/cimv2").ExecQuery _
("SELECT * FROM Win32_OperatingSystem" &_
" WHERE Primary=true")

For Each objIn OpSysSet
obj.Win32Shutdown(8)
Next

В дальнейшем можно стартовать этот скрипт из командной строки или включить вызов в командный файл.Кроме этого, для выключения компьютера можно воспользоваться командой shutdown. Набрав "shutdown /?" можно ознакомиться со справкой со этой утилитке.

Правда ли что XP всегда загружает определённый набор DLL, даже если они не используются?
Правда. Список этих DLL находится здесь:
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\KnownDLLs
Теоретически, если вы уберёте из этого списка лишнее, это может освободить некоторое количество памяти и ускорить работу. Практически, я бы не советовал. Зато можно добавить в этот список библиотеки, которые часто используются используемым именно Вами.

Как сделать что бы задачи которые повисли и перестали отвечать убивались автоматически?
За это отвечает ключ HungAppTimeout, находящийся по адресу HKCU\Control Panel\Desktop. Значение этого ключа определяет время в миллисекундах, через которое не отвечающее приложение считается зависшим. Кроме этого ключа, в той же ветке есть ключи WaitToKillServiceTimeout, который задаёт время ожидания перед «убийством» зависшей службы, и AutoEndTasks, присвоив которому значение 1, вы разрешите системе убивать зависшие процессы самостоятельно. Не следует, только, ставить очень малые значения Timeout, иначе могут возникнуть проблемы с не вовремя убитыми программами и службами.

Как добавить содержимое рабочего стола в меню Start?
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders value Desktop, default val is "%USERPROFILE%\Desktop" change to "%USERPROFILE%\Start Menu\Desktop" скопировать папку %USERPROFILE%\Desktop в %USERPROFILE%\Start Menu\Desktop
Перегрузится, после этого, при нажатии на Start там будет распахивающееся меню Desktop.